Lammps
最近一个老师让我帮他装一个lammps跑模拟用，就花了几天时间学习了一下，总共需要配置3个包
配置环境为centos，其他同理。下载包的话最新版本。
openmpi
下载地址 https://link.zhihu.com/?target=https%3A//www.open-mpi.org/software/ompi/v4.0/
tar -zxvf openmpi的文件名
cd openmpi文件名
./configure --prefix=openmpi安装路径 #安装路径可以新建一个local/openmpi文件夹
make -j 8 #多少核make
make check
make install
安装完成没有报错配置环境变量
vi .bashrc
#openmpi 这是我的环境变量
export PATH=/home/liaosi/local/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/liaosi/local/openmpi/lib:LD_LIBRARY_PATH
安装后检查一下
mpicc --version：该命令将显示MPI编译器的版本信息，如果MPI已经安装，则将显示版本信息。
mpirun --version：该命令将显示MPI运行时的版本信息，如果MPI已经安装，则将显示版本信息。
mpiexec --version：该命令将显示MPI运行时的版本信息，如果MPI已经安装，则将显示版本信息。
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fftw3
下载地址 https://link.zhihu.com/?target=https%3A//www.fftw.org/download.html
tar -zxvf fftw3的文件名
cd openmpi文件名
./configure --prefix=fftw3安装路径 #安装路径可以新建一个local/fftw3文件夹
make -j 8 #多少核make
make check
make install
安装完成没有报错配置环境变量
vi .bashrc
#openmpi 这是我的环境变量
export PATH=/home/liaosi/local/fft/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/liaosi/local/fft/lib:LD_LIBRARY_PATH
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lammps
下载地址 https://link.zhihu.com/?target=https%3A//www.lammps.org/download.html
解压lammps包，进入/src/MAKE/OPTION
修改Makefile.fftw内容
将fftw3路径改为自己的fftw3安装路径(默认路径是/usr/local)
修改Makefile.g++_openmpi
将openmpi的路径改为自己的openmpi安装路径(默认路径是/usr/local)
回到src目录，安装所需的包（可以用make package-status查看包的安装情况，这里的包是指lammps提供的一些实现特定功能的脚本，可以理解为类似于python里面的库）
make yes-molecule
make yes-rigid
make yes-kspace
make yes-body
make yes-manybody
make mpi #会生成一个lmp_mpi 文件
配置环境变量
“#lammps2022
export PATH=/home/liaosi/opt/lammps/lammps-23Jun2022/src:$PATH”
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都按照完成后 source ~/.bashrc 更新一下环境变量
运行
mpirun -np 4 ../../src/lmp_mpi -in in.file in.file 在examp文件下
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